異なる生物間のゲノム座標を変換する: liftover

liftOver はもともとゲノムバージョン間の座標を変換するプログラムであったが、オプションを駆使することで種間の座標を変換することも可能である。

ポイントとなるオプションは複数箇所にヒットを許す -multiple、最小チェインサイズを指定する -minSizeT, -minSizeQ の2つである。また -minMatch のデフォルトが 0.95 であるが、種間比較で利用するときは 0.01 など低い値を指定する。例えば、ヒトゲノムのENCODE領域 (0.5-1.8MB)では、-minSizeT=4000 とし、 哺乳類では -minSizeQ=20000、鳥類や魚類ゲノムでは -minSizeQ=1000 にすると良いとされている。