日本ミラーの bioconductor.jp を選択するには、以下のように、
chooseBioCmirror()
で 6 番を選ぶだけです。
options("BioC_mirror")
で切り替わっていることを確認できます。試しに、BrainStars package をインストールしてみると、ちゃんと bioconductor.jp からインストールされているのがわかります。