Rから Refseq や UniProt-KBの情報を高速に検索する

ここでは、R package の genesearchR を使って、NCBI RefSeq と UniProt-KB の全文検索を高速に行う 方法を述べます。

インストール

Rを起動します。

sudo R

関連するパッケージをインストールします。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicRanges")

install.packages("devtools")
install.packages("roxygen2")

library(devtools)
install_github("genesearchr", "dritoshi")

使い方

library("genesearchr")

## RefSeq
my.hs.gene 

Search オプション

検索ワードの指定の仕方は以下のサイトを参考にしてください。

• G-links, UniProt-KB search
• GGRNA, RefSeq search
• GGGenome, Ultrafast sequence search

仕組み

genesearchR は以下のサービスを検索した結果をRに取り込みます。

• GGRNA
• GGGenome
• G-links