Bioinformatics Tips
R
- Rでマゼンタ-黒-緑になるバリアフリーなカラーパレットを生成する
- RでソートできるHTMLテーブルを作る
- Rでグラフをアニメーションさせてみたよ
- R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2)
言語としてのR
Bioconductor
- R/Bioconductor の基礎
- bioconductor のパッケージを高速にインストールする (bioconductor.jp の設定)
- Bioconductor のソースコードを全文検索する
- R で EnsEMBL ID を Entrez Gene ID へ変換する. ID変換における諸注意についても書いてある。
Microarray
- RでNCBI GEOの情報を取り出す
- Rails 3 とGoogle Chart APIを使って7分ぐらいで発現データベースを作る
- R + Rapache + brew + ggplot2 + RSQLite で作る遺伝子発現データベース
Sequencing
General
- DNA配列をRで操作する (FASTAQ/A, 全ゲノム配列など)
- Rで遺伝子構造を描く
- シーケンスアダプタを除く
- ゲノム座標を異なるゲノムバージョンの間で変換
- Primer3の入力フォーマットが変わったのでeprimer3がエラーを解消する
RNA-seq
ChIP-seq
- ChIP-seq データ解析の基礎
- R + Bioconductor によるChIP-seq データ解析の基礎, (ソースコード、スライドなど)
- ピーク発見の統計学1 (理論)
- ピーク発見の統計学2 (理論)